La espectroscopia de fluorescencia es una herramienta analítica utilizada para examinar muestras de agua de diferente origen por que es sensible, selectiva y puede dar un amplio espectro de información sobre la composición, características, origen y distribución de la materia orgánica disuelta (MOD). El objetivo de esta investigación fue caracterizar la MOD en el efluente de un reactor aerobio autotrófico nitrificante por espectrometría de fluorescencia de la matriz de excitación-emisión en 3D (EEM-3D, por sus siglas en inglés) y así determinar si las EEM-3D podrían identificar productos microbianos solubles de bacterias nitrificantes. El reactor nitrificante fue operado a 36 días de tiempo de retención celular (TRC), 40 horas de tiempo de retención hidráulico (TRH) y alimentado con agua residual con exceso de amonio. Se identificaron solamente dos picos de fluorescencia en el efluente del reactor nitrificante: Los picos fueron localizados a una longitud de onda de emisión similar (416.9 ±10.3 y 415.5 ± 2.2 nm, respectivamente), pero a diferentes longitudes de onda de excitación (245.2 ± 1.0 y 330.7 ± 1.7 nm, respectivamente). Las EEM-3D fueron significativamente diferentes a los que comúnmente se encuentran en el efluente de reactores aerobios heterotróficos de lodos activados o en el efluente de reactores anaerobios heterotróficos metanogénicos.